Con apenas 16 años Darwin ingresó en la Universidad de Edimburgo, aunque paulatinamente fue dejando de lado sus estudios de medicina para dedicarse a la investigación de invertebrados marinos. Posteriormente la Universidad de Cambridge dio alas a su pasión por las ciencias naturales. También dedicó una serie de publicaciones a sus investigaciones en botánica, y su última obra abordó el tema de los vermes terrestres y sus efectos en la formación del suelo. Dos semanas antes de morir publicó un último y breve trabajo sobre un bivalvo diminuto encontrado en las patas de un escarabajo de agua de los Midlands ingleses.
Darwin pasó el verano de 1825 como aprendiz de médico, ayudando a su padre a asistir a las personas necesitadas de Shroshire, antes de marchar con Erasmus a la Universidad de Edimburgo. Encontró sus clases tediosas y la cirugía insufrible, de modo que no se aplicaba a los estudios de medicina. Aprendió taxidermia con John Edmonstone.
En su segundo año en Edimburgo ingresó en la Sociedad Pliniana .Colaboró con las investigaciones de Robert Edmund Grant sobre la anatomía y el ciclo vital de los invertebrados marinos en el Fiordo de Forth, y en marzo de 1827 presentó ante la Sociedad Pliniana el descubrimiento de que unas esporas blancas encontradas en caparazones de ostras eran los huevos de una sanguijuela.
Conoció a otros importantes naturalistas que contemplaban su trabajo científico como una teología natural. En la proximidad de los exámenes finales, Darwin se centró en sus estudios. En el examen final de enero de 1831 Darwin aprobó, quedando el décimo de una lista de 178 examinados.
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